Resumo

Este exercício apresenta o problema de classificação, relacionamento, codificação de caracteres, e parcimônia. Pretende-se, em parte, tão divertido, em parte para fazê-lo pensar sobre algumas questões fundamentais na análise filogenética. Agora vamos nos familiarizar com as criaturas e especular sobre sua filogenia.

Objetivos

Após este exercício, você deve

• Entender que há muitas classificações possíveis
• Pensar como “espécies”  se relacionam com as classificações
• Ter uma boa compreensão da parcimônia

As Caminaculas

As Caminaculas são animais artificiais criadas pelo Professor José Camin, da Universidade de Kansas, como parte de um estudo de como os taxonomistas classificam os organismos reais. Sokal (1983) descreve o conjunto completo de Caminalculas, em seguida, passou muito tempo vendo se os métodos existentes de referencia filogenéticas podem reconstruir a árvore "real" para o grupo, que Camin constituído como ele desenvolveu o Caminaculas. Nesta prática, vamos utilizar as Caminaculas para explorar o problema da classificação, com ênfase no uso do princípio da parcimônia para encontrar a melhor árvore.

Criando uma classificação

Você precisa recortar todas as 29 espécies das Caminaculas "recentes".

1.     Produz uma classificação das Caminaculas.

Isto pode assumir qualquer forma que desejar, mas estar preparado para explicar porque você escolheu o tipo de classificação que você fez, e como você o produziu. Desenhe  sua classificação:

2.  O que sua classificação representa?

 3. Se duas Caminaculas estão relacionadas em sua classificação, ou aparecem muito próximas, o que significa isso?

 Criando uma matriz de dados

Para ser rigoroso, precisamos ser explícito sobre as informações que usamos para construir nossas classificações.

5: O que é uma espécie? O que é um estado de atributo?

6. Enumere algumas espécies e seus estados para as Caminaculas.  Precisa especificar os atributos e sua presença ou ausência (completa a tabela):

7. Agora, faz uma pontuação de cada Caminacula para cada atributo e entrar nesta matriz. Dê a cada estado um número de caracteres (por exemplo, a ausência presença = 0, = 1).  

8: Alguns atributos podem ocorrer apenas em algumas Caminaculas. Como exemplo, pense no atributo "fusão de olhos". Divida a Caminaculas em duas pilhas, aquelas com os olhos fundidos e sem olhos fundidos. O que você vai fazer com o Caminaculas sem olhos? Como você codificar esses caracteres em sua matriz?